水泥粉尘会危害肺部健康、损伤皮肤、引起全身性中毒。水泥粉尘随呼吸进入肺部，可在肺部组织中呈异物反应，形成以肺组织纤维化为主的疾病，即尘肺的一种，进入支气管还会导致全身性中毒，附着在皮肤上会损伤肌肤。
水泥粉尘易随呼吸进入肺部，进入肺部后可在肺组织中呈异物反应，造成肺部组织纤维化，由于吸入的粉尘质量和量的不同，危害程度也不一样，通常将粉尘引起的肺部疾病统称为尘肺病，种类很多，其中有12种被列为职业病。
水泥粉尘容易附着在皮肤上，长期处于这种环境，皮肤一直遭受粉尘的刺激就会形成粉刺、毛囊炎、脓皮病等，不小心进入眼中还会引起角膜损伤，导致角膜感觉迟钝和角膜混浊。
水泥粉尘含有有害物质，例如铅、铜、锌、锰等毒性物质，吸入人体后可被支气管壁溶解吸收，由血液带到全身各个部位，引起全身性中毒，铅中毒是慢性的，喝酒后会引起急性中毒，体内铜含量过高时还会导致溶血性贫血。
